早在公元前一世紀，人們就已發現通過球形透明物體去觀察微小物體時，可以使其放大成像。后來逐漸對球形玻璃表面能使物體放大成像的規律有了認識。

1590年，荷蘭和意大利的眼鏡制造者已經造出類似顯微鏡的放大儀器。
1611年，Kepler(克卜勒)：提議復合式顯微鏡的制作方式。
1655年，Hooke(虎克)：「細胞」名詞的由來便由虎克利用復合式顯微鏡觀察軟木塞上某區域中的微小氣孔而得來的。
1674年，Leeuwenhoek(李文赫克)：發現原生動物學的報導問世，并于九年后成為首位發現「**」存在的人。
1833年，Brown(布朗)：在顯微鏡下觀察紫羅蘭，隨后發表他對細胞核的詳細論述。
1838年，Schlieden andSchwann(雪萊敦及史汪)：皆提倡細胞學原理，其主旨即為「有核細胞是所有動植物的組織及功能之基本元素」。
1857年，Kolliker(寇利克)：發現肌肉細胞中之粒線體。
1876年，Abbe(阿比)：剖析影像在顯微鏡中成像時所產生的繞射作用，試圖設計出理想的顯微鏡。
1879年，Flrmming(佛萊明)：發現了當動物細胞在進行有絲分裂時，其染色體的活動是清晰可見的。
1881年，Retziue(芮祖)：動物組織報告問世，此項發表在當世尚無人能凌駕逾越。然而在20年后，卻有以Cajal(卡嘉爾)為首的一群組織學家發展出顯微鏡染色觀察法，此舉為日后的顯微解剖學立下了基礎。
1882年，Koch(寇克)：利用苯安染料將微生物組織進行染色，由此他發現了霍亂及結核桿菌。往后20年間，其它的**學家，像是Klebsand Pasteur(克萊柏和帕斯特)則是藉由顯微鏡下檢視染色藥品而證實許多**的病因。
1886年，Zeiss(蔡氏)：打破一般可見光理論上的極限，他的發明--阿比式及其它一系列的鏡頭為顯微學者另辟一新的解像天地。
1898年，Golgi(高爾基)：首位發現**中高爾基體的顯微學家。他將細胞用硝酸銀染色而成就了人類細胞研究上的一大步。
1924年，Lacassagne(蘭卡辛)：與其實驗工作伙伴共同發展出放射線照相法，這項發明便是利用放射性釙元素來探查生物標本。
1930年，Lebedeff(萊比戴衛)：設計并搭配**架干涉顯微鏡。另外由Zernicke(卓尼柯)在1932年發明出相位差顯微鏡，兩人將傳統光學顯微鏡延伸發展出來的相位差觀察使生物學家得以觀察染色活細胞上的種種細節。
1941年，Coons(昆氏)：將抗體加上螢光染劑用以偵測細胞抗原。
1952年，Nomarski(諾馬斯基)：發明干涉相位差光學系統。此項發明不僅享有**權并以***本人命名之。
1981年，Allen and Inoue(艾倫及艾紐)：將光學顯微原理上的影像增強對比，發展趨于**境界。
1988年，Confocal(共軛焦)掃瞄顯微鏡在市場上被廣為使用。

數碼顯微鏡以及視頻顯微鏡成為各界人士的新寵。廣泛運用到工作及生活當中。